В ISPmanager существует функция резервного копирования, с помощью которой можно создавать резервные копии, как на локальный диск, так и на FTP-сервер всех данных сайта. Бэкапирование делается регулярно каждую неделю. Чтобы избежать переполнения диска, нужно задать ограничение на размер копий и тогда старые данные будут перезаписываться новыми.
Больше информации смотрите на видео: