С любым из этих вариантов вы что-то получаете, а что-то теряете. После разделения двух сайтов под двумя разными именами доменов (не поддоменов, заметьте), вы позволяете сайтам принять собственную персонификацию, темы и целевую аудиторию, не ущемляя интересы и фокусировку друг друга. Это тем более важно, если, один из сайтов имеет коммерческую направленность, а другой посвящён совершенно отдельной теме, не связанной с бизнесом. Например, если ваше коммерческое подразделение продает «Виджет X», а ваш новый сайт/блог посвящён теме «Жизнь на Троещине», то поставив два сайта на один домен, вы добьетесь того, что ваши потенциальные клиенты посчитают, что Виджет X годится только для людей, живущих на Троещине.
Трудно предсказать судьбу сайта при первом запуске. Сайт может быть успешным, а может и не быть, он может приносить радость и прибыль или быть значительным бременем для своего создателя. Разделение доменов отсоединяет карму одного сайта от другого. Оно также позволяет репутации одного сайта быть разрушенной, если его рейтинг обваливается в поисковых системах, в то время как другой сайт может спокойно продолжать свою работу.
Основное преимущество в том, чтобы поставить ваш новый сайт в папку на существующий домен, определяется в первую очередь дополнительными ссылками, которые привлекает суб-сайт.
Например, если вы пишете в блоге на вашем суб-сайте и продаёте «Виджет X» на вашем основном сайте, ссылки на вашем блоге будут рассматриваться как дополнительный кредит доверия и как ссылки для основного домена в целом. Это особенно полезно, если ваш основной домен является коммерческим сайтом для продажи продукта или услуги, и получить естественные ссылки для него не так-то просто. Я уверен, что вы знаете, как трудно заставить людей перейти по ссылке на такие сайты, гораздо легче получить их при помощи перехода по ссылке в блоге, особенно если ваши статьи в блоге интересны и не похожи на навязчивые попытки впарить свою продукцию любой ценой.
Поддомен выглядит как совершенно новый сайт, с совершенно независимой структурой. Поисковые системы даже файл robots.txt загружают с корневого каталога вашего поддомена (например: subdomain.example.com/robots.txt), как будто это совершенно новый домен.
Несмотря на это, Google и Яндекс также иногда могут относиться к нему как к подкаталогу основного домена. Все зависит от поисковой системы, структуры ссылок между двумя сайтами, и версии алгоритма, которую использует поисковик. И не забудьте, что алгоритмы все время меняются. Поэтому вы никогда не будете уверенны в том, что поисковые системы будут рассматривать ваш поддомен как отдельный сайт, а не как подкаталог основного домена, различие между поддоменом и подкаталогом ненадежно (в лучшем случае). Таким образом, трудно предсказать, будут ли ссылки на ваш поддомен автоматически засчитываться в пользу вашего основного сайта или нет. Как бы то ни было, преимущества и выгоды, получаемые от имени поддомена, являются неопределенным, в лучшем случае, и будут меняться с течением времени.